1952年,由北京大学地质系、清华大学地质系、天津大学地质工程系和唐山铁道学院地质系合并成立了北京地质学院,建院的同时成立了水文地质及工程地质系。1992年,为适应学科发展需要,改名为环境科学系。1998年,校内院系调整后,称为水资源与环境工程系。2002年,又更名为水资源与环境学院(简称水环学院)。
学院现有专业横跨四个一级学科(环境科学与工程、水利工程、地质资源与地质工程和生物学)。目前本科招生专业三个:水文学与水资源工程、地下水科学与工程和环境工程,每年约招收140名本科生;研究生教育有四个博士学位授予专业:水文学与水资源、环境科学与工程、地下水科学与工程和地质环境与工程,每年招收硕士研究生约90名、博士研究生30名和30名工程硕士。其中“环境科学与工程”学科为一级博士授权,“水文学及水资源”和“地下水科学与工程”为二级学科,具有硕士、博士授权。学院现有教职工37人,其中教师31人,包括15名教授和11名副教授。
学院现有11个实验室,其中的水资源与环境工程北京市重点实验室,包括7个分室:分析仪器实验室、水分析与环境监测实验室、水力学实验室、水处理实验室、微生物实验室、数值模拟实验室和土质土力学实验室。为教学和科学研究提供了良好的条件。