进入新世纪，环境科学与工程学院以人为本、以建设世界一流水平的学院目标、以学科建设为突破口，在世界范围内广纳贤才共济大业。我院现已拥有环境科学与工程一级学科博士学位授予权、环境工程博士学位授予权、环境科学硕士学位授予权、环境工程硕士学位授予权和环境工程工程硕士学位授予权；学院现有教师52人，博士学位100%，海外博士25%，67%具有一年以上海外经历。教育部“长江学者”特聘教授1人，国家“杰出青年基金”获得者1人，中组部“青年千人”1人，教育部新世纪优秀人才8人，中科院“百人计划”获得者2人，上海市千人计划1人，上海市东方学者1人，上海浦江人才1人，上海启明星1人。
学院在数年发展的基础上，经整合、凝炼，确定如下主干研究方向：
1、流域水污染控制与修复；
2、固体废弃物处理处置与资源化；
3、环境功能材料与环保装备开发；
4、工业废气处理与区域空气质量模拟；
5、土壤－－地下水污染修复；
6、环境管理。
学院在发展自己重点优势学科的同时，密切关注本领域的学术动向，注重吸收国际先进理论与技术，多方位开展国际交往，至今已经与美国、日本、德国、丹麦、比利时、以色列、新加坡、韩国、泰国等国家进行学术交流或互派研究人员；与美国斯坦福大学、日本国立环境研究所、美国佛罗里达州立大学、日本东北大学签订共同合作研究协定；与日本理化学研究所、筑波大学、美国亚利桑那大学共同召开了专题研讨会，并参加了环境工程中日韩大学群研究计划。学院将进一步扩大国际合作的深度与广度，借鉴国内外的成功经验，坚持与国际名校、名所（实验室）、名企合作，坚持走国际化办学的道路，最终实现建设世界一流环境学院的目标。
